El Humboldt Explorer tiene capacidad para 16 pasajeros en 8 habitaciones con aire acondicionado, cada una de ellas con baño y ducha privados. La mayoría de los camarotes pueden configurarse con dos camas individuales o una cama grande, según las preferencias de los huéspedes. Los camarotes están situados en la cubierta principal y en la cubierta inferior del barco.
La cubierta principal dispone de un salón con aire acondicionado, mesas de comedor, bar, TV, reproductor de CD/DVD, videoteca y sala de estar. En el nivel superior hay una cubierta parcialmente cubierta con jacuzzi y amplias zonas para sentarse.
La cubierta de inmersión está totalmente equipada con compartimentos individuales para el equipo, una gran mesa para la cámara, una estación de recarga, estaciones de llenado de aire y nitrox, soportes para botellas y un tanque independiente de agua dulce para enjuagar el equipo de la cámara submarina. Las inmersiones se realizan con dos grandes pangas (embarcaciones auxiliares), a las que se accede fácilmente desde la cubierta de inmersión.
