Tintoreras
Se encuentra al sur de Puerto Villamil. Tiene una pequeña bahía de aguas turquesas completamente tranquilas, donde se pueden apreciar leones marinos, tortugas marinas, iguanas marinas, mantarrayas, etc. La bahía está conectada a una grieta de agua cristalina que es poco profunda y cuando la marea está baja la entrada se cierra. En esta grieta puedes ver cómo los tiburones de arrecife nadan junto con otros peces pequeños y leones marinos.
La mayor parte del sendero es lava AA, a excepción de una playa de arena blanca y una playa de piedra negra. En la primera playa hay colonias de leones marinos, también es un sitio de anidación de iguanas marinas, durante la temporada de anidación. La segunda playa está completamente rodeada de manglares (Conocarpus erecta) y manglares blancos (Laguncularia racemosa). A lo largo del sendero puedes ver muchas iguanas marinas en las rocas o debajo de los manglares.
Humedales
El sitio para visitantes “Humedales”, es un complejo de senderos que incluye los siguientes sitios: Cerro Orchilla, un mirador al que se puede acceder a través de una escalera; Desde este sitio se puede ver la bahía y el pueblo de Puerto Villamil, el volcán Sierra Negra, el volcán Cerro Azul, islotes y rocas. Estos sitios forman paisajes espectaculares. El Estero es un camino de 227m de rocas de lava, 1.5 metros de ancho.
Consiste en un sitio de picnic donde la gente viene a realizar actividades de ocio. En este sitio puede ver las cuatro especies de manglares que se encuentran en Galápagos y un pequeño bosque de majagual.Forma parte de las historias y leyendas de la era de la colonia penal en Isabela. La Poza Escondida es un camino de piedra y madera, donde la atracción principal es un bosque de manglares y al final de este camino se encuentra este estanque. Poza Redonda, es un camino de 50 metros de largo, de placas de lava que conducen a una piscina formada dentro de un tubo de lava colapsado.
Tunel del Estero, un camino de 75m de largo y con placas de lava adecuadas que termina en una escalera dentro de un túnel de lava. Sobre el túnel se puede ver el paisaje intermareal que ofrece un tapiz del Sesuvium de Galápagos entre "El Túnel del Estero" y Playa del Amor el cual tiene un acceso rocoso al mar, es un sitio frecuentemente utilizado por la comunidad de Isabela. Los Tunos y Pozas Verde son caminos con varios miradores que permiten la observación de aves y plantas.
La Playita: Es un camino que conduce a una pequeña playa que forma parte de la playa más grande de Villamil. El Centro de Cría de Tortugas de Isabela se encuentra a 1,5 km de Puerto Villamil. Puedes caminar o conducir en este Centro de Crianza.
Cazuela, Cinco Cerros, Roca Unión, San Pedro, Tablas y Cerro Paloma han sido reproducidos en cautiverio. En total hay 330 tortugas entre juveniles y adultas. De la población de Cerro Paloma, hay 4 machos y dos hembras Galápagos que hasta ahora son los únicos sobrevivientes.
Cinco Cerros tiene una subpoblación de tortugas gigantes bastante diferente. A nivel local se le conoce como "aplastada" (aplanada) por la forma peculiar de su caparazón. Las tortugas se alimentan tres veces por semana, en base a una dieta de plantas Otoya (Xanthosoma saggitifolium) y cachimuela (Potomorphe peltata). El agua que beben es de pequeños estanques artificiales que existen dentro de los corrales.
El Centro de Crianza tiene hermosos jardines que consisten en plantas nativas, como manzanillo (Hippomane mancinella), mezquite (Prosopis juliflora), nopal (Opuntia spp), palo santo (Bursera graveolens), lima ceniza espinosa (Zanthoxylum Fagara), arbusto espinoso (Scutia pauciflora) Croton de Galápagos (Croton scouleri), Glorybower (Clerodendrum molle), isla marina o algodón criollo (Gossypium barbadense), cabeza radiada (lechoso) (Scalesia affinis), y cordia amarilla (Cordia lutea)
